胡庆余堂中药博物馆于1987年筹建，1991年开馆。古建筑面积近四千多平方来，由陈列展厅手工作坊（兴趣室）、营业大堂、庆余名医馆等四大块组成。展品通过介绍中药的概况、胡庆余堂的发展史、标本药、手工操作作坊等，使观众更了解中药的起源、形成、发展和使用，以及胡庆余堂的特色。

1988年，胡庆余堂古建筑群被国务院列为全国重点文物保护单位。2006年，胡庆余堂中药文化入选第一批国家级非物质文化遗产名录。2018年，被国家中医药管理局确定为全国中医药文化宣传教育基地。胡庆余堂中药博物馆是我国首家以中药为主题的国家二级博物馆，参观者来到这里，既可以观赏胡庆余堂古建筑的“原汁原味”，又可以博览中国中药圣殿宝库里的精粹。

党和国家领导人习近平、江泽民、张德江、李鹏、朱镕基、尉建行、李瑞环、李岚清等曾先后亲临博物馆，并挥毫题词，殷情勉励。特别是杭州G20峰会期间，充分发挥博物馆公共文化服务功能，向全世界展示了中国中医药圣殿的风采。