慧因高丽寺最早建于927年（后唐天成二年），由吴越王钱镠建造。慧因高丽寺的出名，和高丽国王文宗王徽的第四个儿子，也就是出家封号为“佑世僧统”的义天有密切关系。1085年（北宋元丰八年），义天远涉重洋到杭州来求佛法，并随师傅净源入住慧因寺。后义天归国，将《华严经》三部170卷送与慧因寺，并捐资建造华严经藏经阁及菩萨像等，使慧因寺名声大振，被誉为“华严第一道场”，俗称高丽寺。南宋及元代，慧因高丽寺作为御前功德院累受封赐，香火兴旺。此后，慧因高丽寺屡毁屡建，到光绪初年，寺庙建筑基本无存。

2004年，杭州市开始复建这座历史名刹，并把它列为湖西36处历史文化景点之一。这次复建，前后历经两年零七个月。