净慈禅寺始创于后周显德元年，号“慧日永明院”，宋太宗改“寿宁禅院”，南宋绍兴间改“净慈报恩光孝禅寺”。南宋嘉定间，品第江南诸寺，净慈禅寺为禅院五山之一。后经元、明两代，屡有毁建，至清代康熙、雍正、乾隆三朝皆多加重视。近现代因时局变迁，净慈禅寺一度甚为凋零。改革开放之后，宗教政策逐步落实，寺院逐步得到恢复。2006年首届世界佛教论坛期间，佛螺髻发舍利供奉法会于寺内隆重举行。

自吴越国建寺以来，历代高僧辈出、祖师传承有序，凡历住持百余代，接法于历任住持、并被记录流传后世、具有相当影响力的法嗣接近三百位。且净慈禅寺历代高僧于佛法、文学造诣颇高，文人墨客由此多有往来。北宋文人苏东坡与寺僧老谦结下的深厚茶谊，开启了净慈禅寺与杭州文士的千年茶缘。南宋诗人杨万里曾寓居净慈禅寺，期间逢好友林子方来访，作诗《晓出净慈寺送林子方》并流传至今。明代亦有大儒王阳明往来杭州期间数次居于净慈禅寺。

净慈禅寺内古木林立，遗迹众多。有西湖十景之“南屏晚钟”， 济公运木的“运木古井”，莲池大师首开放生之风的“放生池”，康熙皇帝御制重修净慈寺碑文的“御碑亭”，乾隆皇帝御制并御赐的“乾隆帝御笔书写净慈寺方丈咏古碑碑额”，供奉南宋道济禅师的“济公殿”，南宋时石田法熏禅师以禅杖叩地开凿的“双井”，供奉永明延寿大师舍利的“永明塔院”，重修于晚清的“如净禅师塔”等等。