由于长期的湖底淤泥沉积，跨湖桥遗址的表土厚达3到4米，从而使遗址内的文物保存比较完整，现文物存于跨湖桥遗址博物馆。跨湖桥遗址博物馆于2006年开始筹建，2007 年正式动工，2009年9月落成开放，2020年，博物馆进行了重新升级。

跨湖桥遗址博物馆的造型形态，从“独木舟”中获得启发，建筑整体以船为造型，从平面形态到立体面造型都采用了“舟”形的形态组织。博物馆像一叶轻舟，泊在浩瀚的时空中。“跨湖桥文化”是先民留下的巨大财富，博物馆的建成启用，为人们提供了一个了解“八千年文明史的平台”，成为一张有代表性的历史文化金名片。